液相色譜柱即使樣品和流動相已做過前處理，也仍難以完成避免柱子受到污染，因此必須對柱子行清洗。清洗應定期進行，如果在短期內分析許多樣品，則以每日清洗一次為宜，至少也應一周一次，防止有太多的雜質在柱上堆積。
反相柱的常規(guī)洗滌辦法是：分別取甲醇、甲醇-水各20倍柱體積（既對于一根4.6mmX25cm的柱來說，通常是50-60ml，而對于9.4mm內經(jīng)X50cm的柱來說，通常是500-600ml） ，使之通過柱子。然后用流動相平衡（通常仍用20倍柱體積），柱一般將恢復正常。如果選擇性仍和以前不一樣，則表明還有其他雜質留在柱子里，這時應考慮更加嚴格的清洗：先用20倍柱體積的水，再用相同體積0.05mol/L硫酸，后用流動相溶劑。酸洗常能洗下有機溶劑所不能洗下的剩余雜質。在低pH值下做長期（一天或更長）清洗是不適宜的，但50ml洗液以2ml/min的速度清洗25min，一般對健合相沒有損害。注意，強堿不能用來清洗任何微粒硅膠柱（不論是健合相還是非健合相），因為硅膠骨架會溶解。對于嚴重污染的反相柱，只能采用再生的方法。
液相色譜柱的清洗：
1、沖洗系統(tǒng)細節(jié)多，尤其注意緩沖鹽在開始實驗之前，我們需要沖洗并穩(wěn)定系統(tǒng)，在實驗結束之后，我們也需要使用適當?shù)娜軇_洗并保護系統(tǒng)。
2、置換系統(tǒng)流動相需要沖洗多長時間其實我們很難用時間準確的說明這個問題，因為沖洗時間會受流速和柱體積的影響。
所以這里建議大家用沖洗體積來計算，由于液相系統(tǒng)中的管線和色譜柱都比較細，流速相對比較慢，所以流動相置換的過程是比較慢的，需要5~10倍以上的系統(tǒng)體積才能*置換原有的流動相（并非專業(yè)術語，僅做問題舉例），所以只用知道系統(tǒng)體積即可。
系統(tǒng)體積包含儀器管線體積和色譜柱體積，比如管線體積是1ml，色譜柱的空余體積是3ml，系統(tǒng)體積就是4ml，用至少5倍的流動相沖洗，也就是需要20ml，10倍體積相當于40ml。有了沖洗體積，結合流速，自然就能計算出到底需要多長時間才能把體系置換好，沖洗干凈，比如，流速1ml/min時，大概需要20~40分鐘才能*置換系統(tǒng)中原有的流動相。
3、實驗結束之后用什么溶劑保護體系溶劑的選擇取決于色譜柱的類型，比如反相體系，色譜柱的體系基本為C8、C18類的，甲醇和乙腈是比較合適的溶劑，只是注意乙腈不能長期保存在液相系統(tǒng)中，因為乙腈有聚合的問題；
若是正相體系，比如氨基柱、氰基柱等正相色譜柱，正己烷是比較合適的溶劑，如果是離子交換柱，用水沖洗體系即可。
4、如何沖洗緩沖鹽需要格外注意的是，緩沖鹽在有機相中是不溶解的，所以千萬不能用有機相直接沖洗緩沖鹽體系，否則鹽顆粒析出會堵塞管線和色譜柱，一定要有過渡。
這里建議分三個階段沖洗緩沖鹽體系：（1）用大比例水，小比例有機相沖洗一段時間，這樣可以保證順利的沖走大部分鹽；（2）加大有機相的比例再沖洗一段時間；（3）根據(jù)沖洗體積的計算，確保緩沖鹽已經(jīng)*被置換了之后再改為100%的有機相沖洗一段時間。
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